Andaian-andaian Eurosentrik, androsentrik, nasionalis dan sektarian masih menggaris-bawahi sebahagian besar daripada kajian-kajian mengenai sejarah, masyarakat dan budaya kepulauan Melayu-Indonesia dan Dunia Ketiga pada umumnya. Orientasi Eurosentrisme menentukan agenda penelitian dan pemilihan teori dalam kajian yang dilakukan di luar Barat. Pada waktu yang sama, penghasilan ilmu kita masih dikuasai kepentingan androsentrik, nasionalis dan sektarian. Masalah dalam penghasilan ilmu merangkumi faktor dalaman dan luaran. Pemahaman bahawa penghasilan ilmu memiliki masalah sebagaimana yang disebutkan telah menimbulkan tanggapan di kalangan sesetengah sarjana kita. Di antaranya ialah Syed Hussein Alatas yang menyeru supaya suatu tradisi ilmu kemasyarakatan mandiri diwujudkan. Seruan ini telah diperhatikan oleh dua generasi sarjana sehingga menjelma suatu tradisi dalam penghasilan ilmu yang disebut sebagai Sekolah Ilmu Mandiri. Dalam tradisi ini, pembinaan teori, pembentukan konsep, penerapan kaedah ilmu kemasyarakatan dan kemanusiaan, dan pemahaman fenomena dilakukan dengan cara yang sesuai untuk masyarakat tertentu dan bertentangan dengan kepentingan Eurosentrik, androsentrik, nasionalis dan sektarian.